Главная героиня Control — Джесси Фейден (в исполнении Кортни Хоуп) ведёт собственное расследование в Бюро, пытаясь найти ответы на личные вопросы.

Вскоре, после убийства директора Захарии Тренча, Джесси по неизвестным причинам назначают директором Федерального Бюро Контроля. Здание ФБК оказалось под контролем внеземной формы жизни, известной как Шипящие (Hiss). Джесси предстоит взять под контроль сложившуюся ситуацию в Бюро[16][17]. Мир Control развивается и полон загадок. Каждый из союзников Джесси преследует собственные цели. Ей предстоит сотрудничать с другими агентами Бюро, разгадывать шифры и разбираться в странных экспериментах, которые проводит Бюро. События игры происходят внутри огромного здания в Нью-Йорке на Манхэттене в так называемом Старейшем доме (Oldest House) с разнообразными помещениями и меняющейся архитектурой.